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Der Malaiologische Apparat wurde im Jahre 1962 durch Frau Prof. Irene Hilgers-Hesse (†) gegründet. Frau Hilgers-Hesse, die in Hamburg Ethnologie, Austronesistik sowie Archäologie studiert hatte, war die erste Frau überhaupt, die sich an der Philosophischen Fakultät der Universität zu Köln habilitieren konnte. Der Titel ihrer Habilitationsschrift lautete „Beiträge zur Entwicklungsgeschichte der Bahasa Indonesia unter besonderer Berücksichtigung einiger syntaktischer Fragen“.
Frau Hilgers-Hesse veröffentlichte zahlreiche Publikationen, unter denen zwei besonders hervorgehoben seien: Zum einen das gemeinsam mit Otto Karow erstellte Indonesisch-Deutsche Wörterbuch (1962 erstmals erschienen), zum anderen die Anthologie „Perlen im Reisfeld“, eine in Zusammenarbeit mit dem indonesischen Schriftsteller Mochtar Lubis vorgenommene Auswahl indonesischer Kurzgeschichten.
Ferner gründete sie zusammen mit Prof. Dr. J. Wiesner die "Kölner interdisziplinäre Konferenz", kurz KIK, um Südostasienexperten der unterschiedlichsten Disziplinen einen Zugang zu diesem Raum über ihr eigentliches Fach hinaus zu schaffen. Leider wurde die KIK Ende der 90er Jahre wegen mangelnder finanzieller Ressourcen von der Verwaltung der Universität Köln gestrichen.
Im Jahre 1994 übernahm Professor Peter Wilhelm Pink, der zuvor als Dozent in Hamburg tätig war, den Lehrstuhl des Malaiologischen Apparats. Seine Dissertation verfasste er zum Wayang in Indonesien und seine Habilitation zum Thema von Wariga-Handschriften. Die Vielseitigkeit seiner Interessen von der indonesischen Literatur bis hin zur javanischen Mystik hat die Lehre in Köln ebenso bereichert wie der Einsatz für seine Studenten. Auch nach seiner Emeritierung im Jahre 2003 blieb Prof. Pink dem Seminar als Lehrbeauftragter erhalten und gibt sein umfangreiches Wissen nach wie vor an die Studierenden weiter.
Mit der Berufung von Prof. Edwin Wieringa im Jahre 2004 rückte der Islam in Indonesien und Malaysia verstärkt in den Mittelpunkt von Lehre und Forschung. Diese Neuausrichtung kommt auch in der seither geführten Fachbezeichung „Indonesische Philologie – mit besonderer Berücksichtigung islamischer Kulturen“ zum Ausdruck.